Zasadę tę (z łac. in dubio pro tributario) wprowadziła nowelizacja Ordynacji podatkowej uchwalona w sierpniu 2015 r. Zaczęła obowiązywać 1 stycznia 2016 r. Zgodnie z nią "niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika". Dane o liczbie zastosowań zasady podał wiceminister finansów Marian Banaś. Zaznaczył, że zasada ta jest logiczną konsekwencją zasad konstytucyjnych i zasad ogólnych postępowania podatkowego. Klauzula ta jest zatem stosowana nie tylko od momentu zapisania jej w Ordynacji podatkowej, ale również była stosowana wcześniej .

Marian Banaś wskazał też, że zasada ta jest realnie stosowana w czynnościach sprawdzających, postępowaniach kontrolnych i podatkowych przeprowadzanych przez organy podatkowe, choć w praktyce fiskus rzadko się na nią powołują. Według wiceministra jej zastosowanie często sprowadza się do odstąpienia od wydania niekorzystnego dla przedsiębiorcy rozstrzygnięcia lub odstąpienia w ogóle od podjęcia działań wobec firmy. Takie przypadki nie podlegają jednak ujęciu w żadnych ewidencjach.

Według Pawła Mazurkiewicza, partnera w firmie MDDP, biorąc pod uwagę tysiące decyzji administracyjnych wydawanych co roku, liczba zastosowania "in dubio pro tributario" jest niewielka, niemniej ten fakt nie jest dla niego zaskoczeniem.

Trzeba pamiętać, że wprowadzaniu tej zasady do Ordynacji podatkowej towarzyszyły kontrowersje; istnienie wątpliwości co do stosowania przepisów prawa podatkowego jako przesłanki zastosowania przepisu już samo w sobie jest niejasne. Programowo administracja podatkowa, jak każda inna, nie ma wątpliwości co do stosowania prawa – powiedział Mazurkiewicz.

Także ekspert z Centrum Analiz Klubu Jagiellońskiego Radosław Piekarz nie jest zaskoczony danymi MF.

Od początku byłem negatywnie nastawiony do wprowadzania klauzuli w treści zaproponowanej przez prezydenta (mowa o Bronisławie Komorowskim – przyp red.). Lepsze pomysły miało ministerstwo finansów. Jestem raczej zaskoczony tym, że w ogóle zastosowano tę zasadę. Przypuszczam, że dotyczyło to naprawdę mało znaczących spraw – powiedział Radosław Piekarz.

CRN Polska pisał o wprowadzaniu do Ordynacji podatkowej regulacji in dubio pro tributario w październiku 2015 roku. Jak mówili wtedy specjaliści, sposób sformułowania zasady wyrażonej w art. 2a Ordynacji podatkowej może wręcz dodatkowo skomplikować współpracę na linii fiskus – podatnik. Pierwszym powodem, jak tłumaczyli, jest jego zbyt ogólny wydźwięk. Zwłaszcza fragment dotyczący „niedających się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego”. 

Pisaliśmy wtedy:

W ocenie specjalistów taki zapis ma zbyt subiektywny charakter, co utrudnia (jeśli nie uniemożliwia) jego zastosowanie. W przepisach już ustanowionych i stosowanych w ogóle nie powinno być takich, które budzą „niedające się usunąć wątpliwości”. Jeśli takowe istnieją, to dyskwalifikują zapisy do tego stopnia, że w ogóle nie powinno być mowy o obowiązku czy też zobowiązaniu fiskalnym ze strony podatnika. Dlatego jest bardzo mało prawdopodobne, aby organ skarbowy przyznał, że jakiś przepis jest rzeczywiście obarczony tak poważną wadą prawną. A nawet jeśli fiskus sam będzie miał wątpliwości co do swoich racji, może ich po prostu nie wyrazić i zasady in dubio pro tributario nie zastosować.