Zgodnie z projektem w razie zaniżenia należnego VAT-u, zawyżenia naliczonego podatku lub brak deklaracji z należnym VAT-em przedsiębiorca zapłaci 30 proc. od sumy zaniżenia albo zwiększenia. Gdy posłuży się pustą fakturą (czyli wykazującą transakcję, której nie było) kara wyniesie 40 proc. wykazanego podatku. Tyle samo skarbówka zażąda wtedy, gdy na fakturze będzie podatek, mimo iż dana czynność jest zwolniona z VAT albo podatek jest zerowy, np. w razie transakcji transgranicznej. Kara 40 proc. jest przewidziana ponadto w razie wystąpienia o nienależny zwrot VAT-u.

Kary mają być wymierzane niezależnie od sankcji karno – skarbowych. Takie regulacje próbowano wprowadzić w 2007 r., ale zakwestionował je Trybunał Konstytucyjny, uzasadniając, że nie można karać dwukrotnie za ten sam czyn. Z kolei według autorów ustawy nowe zapisy są zgodne z prawem unijnym.

Według zapowiedzi z listopada, nowa ustawa o VAT powinna wejść w życie przed końcem I kw. 2016 r.