Warszawski Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił zaskarżoną przez spółkę decyzję dyrektora Izby Skarbowej (obecnie Izba Administracji Skarbowej) w sprawie VAT za grudzień 2008 r. Decyzję wydano w końcu 2016 r. Podtrzymywała ona częściowo stanowisko skarbówki z wcześniejszych lat. Sprawa ciągnie się już od lutego 2014 r., gdy warszawski UKS zakwestionował rozliczenia VAT spółki za grudzień 2008 r., twierdząc że posłużyła się ona fakturami dokumentującymi fikcyjne transakcje (związane z przetargiem dla MEN).

W decyzji z grudnia 2016 r. dyrektor Izby Skarbowej częściowo uchylił decyzję pierwszej instancji, ustalając kwotę nadwyżki VAT naliczonego nad należnym do zwrotu w wysokości blisko 1,6 mln zł. W części podtrzymał niekorzystną dla NTT decyzję UKS. Spółka złożyła skargę do WSA. Wcześniej z ostrożności procesowej w całości opłaciła kwotę wynikającą z decyzji UKS z kwietnia 2016 r. Jeszcze w 2014 r. zawiązała na poczet sporu rezerwę w wysokości 2,5 mln zł.

W związku z tą sprawą skarbówka zakwestionowała również rozliczenie CIT NTT za grudzień 2008 r. W końcu 2017 r. dyrektor Izby Administracji Skarbowej podtrzymał niekorzystną dla spółki decyzję Urzędu Celno-Skarbowego z maja 2016 r. NTT pozostało więc kolejne odwołanie do WSA.