W grudniu ub.r. Izba Skarbowa w Warszawie uznała częściowo odwołanie NTT z maja 2016 r., w sprawie dotyczącej VAT, która toczy się od 2014 r. Ustaliła kwotę nadwyżki VAT naliczonego nad należnym do zwrotu w wysokości blisko 1,6 mln zł. Jednak częściowo podtrzymała niekorzystną dla NTT decyzję UKS.

W lutym 2014 r. warszawski Urząd Kontroli Skarbowej zakwestionował rozliczenia VAT spółki za grudzień 2008 r., zarzucając jej, że posłużyła się fakturami dokumentują transakcje, które nie miały miejsca. Zastrzeżenia dotyczą zamówień w ramach przetargu dla MEN. 

NTT odwołała się od tej decyzji do Izby Skarbowej. W efekcie sprawa wróciła do ponownego rozpatrzenia przez UKS, który jednak nie zmienił zdania. Problem wspomnianego rozliczenia powrócił do Izby Skarbowej wskutek kolejnego odwołania NTT. Przepychanki ze skarbówką trwają więc już prawie 3 lata. 

Grudniowa decyzja dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie jest ostateczna w administracyjnym toku postępowania. NTT System nie zgadza się z nią. Zarzuca skarbówce naruszenie prawa. Zapowiada, że będzie domagać się jej uchylenia. Teraz spółce pozostaje odwołanie do sądu administracyjnego.  

Już w sprawozdaniu za 2014 r. spółka utworzyła rezerwę na poczet ewentualnej płatności w wysokości 2,5 mln zł. To w ocenie spółki maksymalna kwota obciążenia w razie niekorzystnego rozstrzygnięcia.

Według sprawozdania finansowego NTT za III kw. ub.r. trwają postępowania kontrolne wobec spółki za lata 2009 – 2012 oraz styczeń i luty 2013 r. Koncentrują się na obrocie elektroniką.