Qumak podpisał list intencyjny dotyczący negocjacji ugodowych oraz realizacji zgłoszenia serwisowego w ramach projektu ISOK (informatyczny system osłony kraju przed nadzwyczajnymi zagrożeniami). Rozmowy dotyczą umowy z sierpnia 2013 r., zawartej pomiędzy spółką a Skarbem Państwa na wykonanie projektu, budowę i wdrożenie ISOK oraz świadczenie usługi gwarancyjnej przez 5 lat. System ma ostrzegać przed powodziami i dostarczać informacje o zasobach wodnych. To jedna z większych inwestycji publicznych IT ostatnich lat (budżet ISOK to 300 mln zł) i jak to już w przypadku dużych państwowych projektów nie raz bywało, realizacja nie idzie gładko. Zamawiającymi są Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej oraz Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej – Państwowy Instytut Badawczy.

Negocjacje Qumaka z zamawiającymi obejmują wszystkie wzajemne roszczenia, jakie zostały dotychczas zgłoszone. Strony chcą zakończenia rozmów w ciągu 2 miesięcy i zawarcia ugody sądowej.  

W czerwcu 2016 r. Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej odstąpił od realizacji 5 etapu projektu ISOK (wdrożenie produkcyjne), wartego ponad 50 mln zł. Zażądał od spółki ponad 15 mln zł kary umownej. KZGW uzasadniał te działania zwłoką w realizacji projektu. Zarząd spółki uznał oświadczenie o odstąpieniu za nieskuteczne, a kary za bezpodstawne.

KZGW chciała dokończyć projekt udzielając zamówienia z wolnej ręki byłemu podwykonawcy Qumaka, ale Krajowa Izba Odwoławcza nie zgodziła się na to.
 
W październiku 2016 r. Qumak pozwał w warszawskim sądzie IMGW i KZGW, domagając się od nich 29,6 mln zł waz z odsetkami, z tytułu wynagrodzenia za wykonanie systemu ISOK.