Użytkownicy najnowszej wersji Symfonii – 2012 – mają do dyspozycji elektroniczną pieczęć - rodzaj podpisu cyfrowego, zawierającego ciąg znaków generowanych przez Windows. E-pieczęć tworzy się w trakcie konfiguracji programu, potem można jej używać do podpisywania e-faktur. Pieczęć jest przypisana firmie, a nie użytkownikowi, co oznacza, że wolno stosować ją na kilku komputerach, w których zainstalowano moduł e-Dokumenty. Każda operacja wykonana w module jest rejestrowana, wraz z informacją o użytkowniku. Jeśli klient ma e-Dokumenty, pieczęć jest dostępna za darmo w standardowej wersji Symfonii. 

Opłaty za korzystanie z e-Dokumentów zależą od liczby faktur zgromadzonych w bazie danych (jest to oferta prepaid, wybrany pakiet kupuje się wraz z licencją). Najtańsza wersja – z limitem 500 faktur – kosztuje 229 zł netto, do 1000 faktur - 390 zł, do 5000 faktur - 890 zł. Użytkownicy usług abonamentowych (Symfopakietów) mają aplikację e-Dokumenty za darmo, w ramach aktualizacji systemu Symfonia.