Zgodnie z projektami ministerstwa finansów (chodzi o dwa rozporządzenia dotyczące wystawiania, przesyłania, przechowywania i udostępniania faktur) do wystawienia e-faktury nie będzie potrzebny podpis elektroniczny ani system EDI. Resort planował, że nowe prawo wejdzie w życie 1 stycznia 2011 r, jak na razie trwają konsultacje w sprawie rozporządzeń. Wątpliwości dotyczące niektórych zapisów zgłosiła Polska Konfederacja Pracodawców Prywatnych Lewiatan, która zresztą od dawna domagała się zrównania w przepisach faktur papierowych i elektronicznych. W opinii do projektów rozporządzenia, którą przesłano do ministerstwa finansów, przedstawiciele Lewiatana zwracają uwagę, że nie wszystkie z proponowanych wymogów są korzystne dla przedsiębiorców.

Jako pierwszą z wad wskazano zobowiązanie podatnika, który chce przechowywać faktury w formie elektronicznej, do zapewniania możliwości udostępnienia i przetwarzania danych z dokumentów w formacie tekstowym. Planowane przepisy nakazują także firmom zapewnienie bezzwłocznego poboru i przetwarzania danych  w razie kontroli.

Powyższe wymagania będą stanowić istotne utrudnienie i obciążenie administracyjne dla podatników – podkreśla Lewiatan – Należy mieć na uwadze, że faktury mogą być wystawiane w różnych formach, w tym mogą być wypisywane ręcznie. W takich sytuacjach podatnik będzie musiał przepisać fakturę do formatu tekstowego wprowadzając dane do innego pliku. Nie ma bowiem możliwości skanowania takich faktur, w sposób zapewniający odczyt danych tekstowych w ogóle lub w sposób wykluczający powstanie błędów”.

Konfederacja zaopiniowała więc negatywnie obowiązek zapewniania możliwości poboru i przetwarzania danych w formacie tekstowym, ze względu na uciążliwość i brak podstaw w prawie wspólnotowym.

Kolejnym wadliwym projektem według Lewiatana jest zapis, że organy podatkowe lub kontroli skarbowej muszą mieć dostęp online do przechowywanych faktur. Zdaniem konfederacji sformułowanie „online” jest nieprecyzyjne i może być różnie rozumiane, a mianowicie oznaczać zarówno dostęp poprzez sieć komputerową jak i możliwość wygenerowania i zaprezentowania danych w czasie rzeczywistym. W opinii zwrócono uwagę, że unijna dyrektywa (112) mówi jedynie o dostępie przy pomocy środków elektronicznych, nie wspominając o „online”.

Lewiatan nie zgadza się ponadto z ograniczeniem możliwości przechowywania e-faktur tylko na terytorium UE (co proponuje resort finansów), gdyż przepisy unijne nie uprawniają do wprowadzania takiej generalnej zasady (jest dopuszczalna w wyjątkowych sytuacjach).